Luego de investigar con especialistas en la materia, programadores de deferentes ramas y maestros dimos con la respuesta al problema y la dejamos plasmada en este post.
Solución:
Recursos de src/main/resources se colocará en la raíz del classpath, por lo que deberá obtener el recurso como:
new BufferedReader(new InputStreamReader(getClass().getResourceAsStream("/config.txt")));
Puede verificar mirando el archivo JAR/WAR producido por maven como encontrará config.txt en la raíz de su archivo.
FileReader lee archivos en el sistema de archivos.
Quizás tenía la intención de usar algo como esto para cargar un archivo desde la ruta de clase
// this will look in src/main/resources before building and myjar.jar! after building.
InputStream is = MyClass.class.getClassloader()
.getResourceAsStream("config.txt");
O puede extraer el archivo del contenedor antes de leerlo.
Los recursos que coloque en src/main/resources se copiarán durante el proceso de compilación en target/classes a las que se puede acceder mediante:
...this.getClass().getResourceAsStream("/config.txt");
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Recuerda que tienes la opción de añadir una tasación si diste con el arreglo.