Solución:
¡Resuelto!
Una discusión serpenteante en la página de Discusión del artículo server.properties en Minecraft Wiki indica que esto es Fraguaes culpa. Aparentemente redefine spawn-protection para ser un booleano que activa o desactiva la protección por completo (lo que no se puede hacer en vainilla) y define una nueva variable, spawn-protection-size por lo que significa la variable anterior para un servidor de vainilla.
Como efecto secundario, parece que un servidor con la API de Forge instalada respetará el área de protección de generación predeterminada de 16 bloques. Hasta que editas la variable, momento en el que la trata como booleana y busca spawn-protection-size en cambio, no lo encuentra, y efectivamente desactiva la protección de generación por completo.
Entonces esto es lo que me pasó entonces. Añadiendo spawn-protection-size=42 para mi server.properties El archivo hizo que la protección de generación funcionara (nuevamente) como se esperaba. ¡Redefinir las variables de configuración es una mala práctica!