Solución:
Recomiendo usar el System.Data.Sqlite contenedor, que incluye cifrado. Funciona muy bien, es fácil de usar y es una implementación completa de ADO.Net. Puede obtener el contenedor en https://system.data.sqlite.org, y el desarrollador describe cómo usar el cifrado en este foro en: https://web.archive.org/web/20100207030625/http:// sqlite.phxsoftware.com/forums/t/130.aspx. Sugerencia: simplemente establezca la propiedad de la contraseña. También describe cómo realiza el cifrado utilizando Microsoft Crypto API en otra parte del foro.
Echa un vistazo a:
http://zetetic.net/software/sqlcipher
Es de código abierto.
También puede comprobar el código de wxsqlite3.
Intentaría http://code.google.com/p/csharp-sqlite/, es una reescritura de SQLite 3.6.16 en C #, bajo licencia MIT. Supongo que será fácil modificarlo.
EDITAR: Como se menciona en la nota a continuación, también es compatible sqlcipher cifrado
ACTUALIZAR: Desde que Google Code pasó a ser de solo lectura, el proyecto se ha trasladado a su propio sitio web https://system.data.sqlite.org/index.html/doc/trunk/www/index.wiki