Presta atención porque en este tutorial vas a hallar el resultado que buscas.
Solución:
Recomiendo usar el System.Data.Sqlite contenedor, que incluye cifrado. Funciona muy bien, es fácil de usar y es una implementación completa de ADO.Net. Puede obtener el contenedor de https://system.data.sqlite.org, y el desarrollador describe cómo usar el cifrado en este foro en: https://web.archive.org/web/20100207030625/http:// sqlite.phxsoftware.com/forums/t/130.aspx. Sugerencia: acaba de establecer la propiedad de la contraseña. También describe cómo realiza el cifrado utilizando Microsoft Crypto API en otra parte del foro.
Echa un vistazo a:
http://zetetic.net/software/sqlcipher
Es de código abierto.
También puede consultar el código para wxsqlite3.
Probaría http://code.google.com/p/csharp-sqlite/, es una reescritura de SQLite 3.6.16 en C#, bajo licencia MIT. Supongo que será fácil modificarlo.
EDITAR: Como se menciona en la nota a continuación, también admite sqlcipher cifrado
ACTUALIZAR: Desde que se leyó Google Code, solo el proyecto se ha movido a su propio sitio web https://system.data.sqlite.org/index.html/doc/trunk/www/index.wiki
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