Posterior a consultar con especialistas en este tema, programadores de deferentes áreas y profesores dimos con la respuesta al problema y la plasmamos en este post.
Solución:
Deberías poder hacer solo
cp -R /tf/Custom_App /tf/Custom_App_backups/Custom_App_2017-12-21
Sin embargosi el directorio de destino ya existe, esto agregaría la parte final de la ruta de origen a la ruta de destino, creando
/tf/Custom_App_backups/Custom_App_2017-12-21/Custom_Appy luego copie el resto del árbol dentro de eso.
Para evitar esto, utilice /tf/Custom_App/. como la fuente. Por supuesto, en ese caso es posible que desee rm -r /tf/Custom_App_backups/Custom_App_2017-12-21 primero, si no desea que los archivos más antiguos permanezcan allí después de la copia.
La diferencia entre /some/dir y /some/dir/. se discutió hace un tiempo en cp se comporta de manera extraña cuando . (punto) o .. (punto punto) son el directorio de origen
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