Esta es la respuesta más completa que encomtrarás compartir, sin embargo obsérvala detenidamente y valora si se adapta a tu proyecto.
Solución:
Crea un archivo llamado .gitignore en el directorio raíz de su proyecto (es posible que uno ya esté allí) y añadir .env en su propia línea en el archivo.
Además, si ya lo ha agregado a su repositorio, tendrá que agregar el archivo a .gitignore como se indicó anteriormente y luego borre el caché de Git. Puede encontrar información al respecto en la siguiente respuesta en StackOverflow.
Puede excluir archivos del repositorio con un archivo .gitignore: http://git-scm.com/docs/gitignore.
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