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Solución:
Mirando las versiones revela el problema:
% gpg-agent --version
gpg-agent (GnuPG) 2.1.7
% gpg --version
gpg (GnuPG) 1.4.19
Los componentes vienen de diferentes paquetes (gnupg2-2.1.7-1.fc22.x86_64 y
gnupg-1.4.19-2.fc22.x86_64 en mi caso). La solución es utilizar el gpg2
comando en lugar de gpg.
En caso de que sea útil para algunos, gpg 1.4 puede funcionar bien con gpg-agent 2.1.
Al investigarlo, encontré esta publicación: https://lists.gnupg.org/pipermail/gnupg-devel/2014-October/029024.html
El agente es compatible, pero ya no exporta las variables de entorno que espera la versión anterior de gpg. Si los configura manualmente, simplemente funcionará:
export GPG_AGENT_INFO=$HOME/.gnupg/S.gpg-agent:0:1
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