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¿Usando Flake8 en VSCode …?

Solución:

Por lo general, sí lo hará. Pero si no funciona para usted, puede intentar especificar la ruta absoluta a flake8 y habilitarla explícitamente así:

"python.linting.flake8Enabled": true,  
"python.linting.flake8Path": "path/to/flake8",  

incluso puede especificar la ruta a su entorno conda:

"python.condaPath": "path/to/condaenv/",

Sí, lo será. Tendrás que instalar flake8 en cada entorno que especifique como intérprete para un proyecto en VSCode.

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