Usando BufferedReader.readLine () en un bucle while correctamente

Solución:

también muy completo …

try{
    InputStream fis=new FileInputStream(targetsFile);
    BufferedReader br=new BufferedReader(new InputStreamReader(fis));

    for (String line = br.readLine(); line != null; line = br.readLine()) {
       System.out.println(line);
    }

    br.close();
}
catch(Exception e){
    System.err.println("Error: Target File Cannot Be Read");
}

Estas llamando br.readLine() una segunda vez dentro del bucle.
Por lo tanto, terminas leyendo dos líneas cada vez que das una vuelta.

Puede utilizar una estructura como la siguiente:

 while ((line = bufferedReader.readLine()) != null) {
            System.out.println(line);
        }

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