Solución:
Creo que es una pregunta frecuente sobre el comportamiento de las figuras en las diapositivas de beamer producidas a partir de Pandoc y Markdown. El problema real es que R Markdown produce imágenes PNG de forma predeterminada (desde knitr), y es difícil obtener el tamaño correcto de las imágenes PNG en LaTeX de forma predeterminada (no sé por qué). Sin embargo, es bastante fácil obtener el tamaño correcto de las imágenes PDF. Una solución es restablecer el dispositivo gráfico predeterminado a PDF en su primer fragmento:
```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(dev = 'pdf')
```
Entonces, todas las imágenes se escribirán como archivos PDF y LaTeX estará feliz.
Su segundo problema es que está mezclando las unidades HTML con las unidades LaTeX en out.width / out.height. LaTeX y HTML son tecnologías muy diferentes. No deberías esperar maxwidth para trabajar en HTML, o 200px en LaTeX. Especialmente cuando desea convertir Markdown a LaTeX, es mejor que no configure out.width / out.height (usar fig.width / fig.height y deje que LaTeX use el tamaño original).
Los tamaños de las figuras se especifican en pulgadas y se pueden incluir como una opción global del formato de salida del documento. Por ejemplo:
---
title: "My Document"
output:
html_document:
fig_width: 6
fig_height: 4
---
Y el tamaño de la trama en el dispositivo gráfico se puede aumentar a nivel de fragmento:
```{r, fig.width=14, fig.height=12} #Expand the plot width to 14 inches
ggplot(aes(x=mycolumn1, y=mycolumn2)) + #specify the x and y aesthetic
geom_line(size=2) + #makes the line thicker
theme_grey(base_size = 25) #increases the size of the font
```
También puede utilizar el out.width y out.height argumentos para definir directamente el tamaño del gráfico en el archivo de salida:
```{r, out.width="200px", out.height="200px"} #Expand the plot width to 200 pixels
ggplot(aes(x=mycolumn1, y=mycolumn2)) + #specify the x and y aesthetic
geom_line(size=2) + #makes the line thicker
theme_grey(base_size = 25) #increases the size of the font
```