Solución:
Ambas versiones que está mostrando son incorrectas. Debe utilizar comillas dobles. Lo siguiente funciona y excluye archivos y directorios ocultos:
--exclude=".*"
Si solo desea excluir directorios ocultos:
--exclude=".*/"
Yo uso esta expresión: --exclude=".[!.]*"
Me hace bien el trabajo excluyendo archivos y directorios ocultos.
Abrir un archivo de texto exclude_me.txt
y escriba lo siguiente: .[a-z]*
Luego ejecute lo siguiente:
rsync -avh --exclude-from='exclude_me.txt' /path/of/Source /path/of/Destination
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