Hola, tenemos la respuesta a lo que buscas, desplázate y la obtendrás a continuación.
Solución:
Bioconductor almacena los archivos del paquete aquí: https://bioconductor.org/packages/3.6/bioc/src/contrib/Archive/
1) Busque y descargue la versión que desea instalar.
2) Instálalo usando R CMD INSTALL yourpackage_version_x.yztar.gz como sugiere Eugène Adell en los comentarios.
Si no puede encontrar la versión específica en el archivo de bioconductor, intente encontrarla en el repositorio de github del paquete.
la versión de DESeq2 El paquete que quería es 1.24 y se encuentra en la versión 3.9 de Bioconductor. La versión de lanzamiento actual de Bioconductor es 3.10 y DESeq2 La versión es 1.26.
haciendo un BiocManager::install("DESeq2") produciría así la versión 1.26. Para obtener mi versión deseada, tuve que instalar paquetes compatibles con la versión 3.9 de Bioconductor usando
BiocManager::install(version = "3.9")
y entonces
BiocManager::install("DESeq2", version = "3.9")
Esto es de parte de mi sessionInfo(). Observe la versión correcta de DESeq2.
> sessionInfo()
R version 3.6.2 (2019-12-12)
Platform: x86_64-redhat-linux-gnu (64-bit)
Running under: Fedora 31 (Workstation Edition)
Matrix products: default
BLAS/LAPACK: /usr/lib64/R/lib/libRblas.so
locale:
[1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8 LC_NUMERIC=C LC_TIME=sl_SI.UTF-8 LC_COLLATE=en_US.UTF-8
[5] LC_MONETARY=sl_SI.UTF-8 LC_MESSAGES=en_US.UTF-8 LC_PAPER=sl_SI.UTF-8 LC_NAME=C
[9] LC_ADDRESS=C LC_TELEPHONE=C LC_MEASUREMENT=sl_SI.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
attached base packages:
[1] parallel stats4 stats graphics grDevices datasets utils methods base
other attached packages:
[1] data.table_1.13.2 DESeq2_1.24.0 SummarizedExperiment_1.14.1 DelayedArray_0.10.0
[5] BiocParallel_1.18.1 matrixStats_0.57.0 Biobase_2.44.0 GenomicRanges_1.36.1
[9] GenomeInfoDb_1.20.0 IRanges_2.18.3 S4Vectors_0.22.1 BiocGenerics_0.30.0
Intenta agregar repos = c("https://bioconductor.org/packages/3.5/bioc", "other CRAN repos that might be needed") opción a la install.packages llamada para instalar paquetes de Bioconductor de versiones anteriores. No se recomienda instalar una versión específica del archivo tar.gz, ya que podría terminar con paquetes mutuamente incompatibles en su instalación de Bioconductor.
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