Solución:
Como dijo @Matthias Wiehl, ElementTree espera solo un nodo raíz y no es un XML bien formado, que debe arreglarse en su origen. Como solución alternativa, puede agregar un nodo raíz falso al documento.
import xml.etree.cElementTree as ET
import re
with open("index.xml") as f:
xml = f.read()
tree = ET.fromstring(re.sub(r"(<?xml[^>]+?>)", r"1<root>", xml) + "</root>")
El nodo raíz de su documento (Version) está abierto y cerrado en la línea 2. El analizador no espera ningún nodo después del nodo raíz. La solución es eliminar la barra inclinada de cierre.
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