Solución:
Desde el archivo de Internet ahora no disponible:
Vaya a Editar -> Preferencias -> Editor SQL y establezca en un valor más alto este parámetro: Tiempo de espera de lectura de conexión DBMS (en segundos). Por ejemplo: 86400.
Cierre y vuelva a abrir MySQL Workbench. Elimine su consulta anterior que probablemente se esté ejecutando y vuelva a ejecutar la consulta.
Si está utilizando un tipo de conexión “TCP / IP estándar sobre SSH”, en “Preferencias” -> “Otros” encontrará el campo “SSH KeepAlive”. Me tomó bastante tiempo encontrarlo 🙁
En 5.2.47 (al menos en mac), la ubicación de las preferencias es: MySQLWorkbench-> Preferences-> SQL Editor
Entonces verás ambos:
Intervalo de mantenimiento de la conexión DBMS (en segundos): tiempo de espera de lectura de la conexión DBMS (en segundos):
Este último es donde querrás subir el límite de 600 a algo un poco más.