Esta es la respuesta más completa que te podemos dar, pero primero estúdiala detenidamente y analiza si se puede adaptar a tu proyecto.
Solución:
Descubrí que si no está utilizando el valor predeterminado --dbpath, debe especificarlo como parte del apagado. Por ejemplo, si inicia el mongod servicio con /Mongo/Data como dbpath tienes que apagarlo con:
mongod --dbpath /Mongo/Data --shutdown
Esto funciona incluso si no está utilizando el puerto predeterminado de 27017.
Solo puedes usar:
pskill mongod
O para algunas distribuciones * nix y linux:
pkill mongod
Cuando mongod obtiene el comando SIGTERM (la señal predeterminada del comando kill es SIGTERM), cerrará la base de datos correctamente.
También puede verificar el PID del proceso mongod con:
ps -ef | grep mongod
Luego apagar por:
kill
Pero NO use matar -9 para el proceso mongod.
Recuerda recomendar este enunciado si te fue de ayuda.