Solución:
ALTER TABLE document MODIFY COLUMN document_id INT auto_increment
Roman tiene razón, pero tenga en cuenta que la columna auto_increment debe ser parte de la LLAVE PRIMARIA o una LLAVE ÚNICA (y en casi el 100% de los casos, debería ser la única columna que forma la LLAVE PRIMARIA):
ALTER TABLE document MODIFY document_id INT AUTO_INCREMENT PRIMARY KEY
En mi caso solo funcionó cuando puse not null. Creo que esto es una limitación.
ALTER TABLE document MODIFY COLUMN document_id INT NOT NULL AUTO_INCREMENT;
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