Solución:
Está mal documentado.
Tanto .NET Compact Framework Redistributable como Power Toys deben estar instalados para que todos los archivos necesarios (como los archivos de destino de MSBuild) estén disponibles para la compilación.
Para todos aquellos que terminan aquí como resultado de la “actualización de aniversario” de Windows 10, tenga en cuenta que el archivo Microsoft.Compactframework.CSharp.Targets se puede encontrar en C: Windows.old WINDOWS Microsoft.NET Framework v3 .5 directorio y copiado de nuevo a donde pertenece!
(Lo mismo con Microsoft.CompactFramework.Common.targets, Microsoft.CompactFramework.VisualBasic.targets)
A mí también me pasó, y más de una vez, con dos proyectos para Visual Studio 2008 Professional.
Es bastante fácil para mí resolver este problema: simplemente reinstale (uso la opción “Reparar” que parece funcionar muy bien) el Power Toys para .NET Compact Framework 3.5. Puede encontrar esta herramienta aquí: http://www.microsoft.com/en-us/download/details.aspx?id=13442
Creo que a veces, tal vez después de algunas actualizaciones automáticas del marco de Windows / .NET, este problema aún puede ocurrir. Pero la solución es bastante fácil en este caso, ¡y no es necesario editar el archivo .vbproj / .csproj!