Puede darse el caso de que encuentres algún problema en tu código o trabajo, recuerda probar siempre en un ambiente de testing antes añadir el código al trabajo final.
Solución:
Tenga en cuenta que lo siguiente es una solución alternativa en lugar de una solución completa:
latexdiff --append-safecmd=subfile d1/main.tex d2/main.tex --flatten > mydiff.tex
se encargará de los casos en los que se haya agregado o eliminado un comando subfile del archivo, y todo el bloque esté marcado (solo probado en el MWE, deberá confirmarse para material incluido más largo), o el nombre de archivo de incluido cambios de archivo. Aún necesitará copiar los archivos incluidos en el directorio donde se genera el archivo de diferencias (directorio actual en el MWE).
Para resaltar los cambios de contenido en los subarchivos, puede procesar cada archivo por separado
cat /dev/null > null
latexdiff -pnull d1/includeme.tex d2/includeme.tex > includeme.tex
La opción -p obliga a latexdiff a omitir los comandos de preámbulo que normalmente inserta automáticamente cuando encuentra un begindocument (archivo auxiliar “null” se necesita como -p/dev/null no se reconoce debido a un error en latexdiff).
Ahora todo lo que queda es automatizar esto. La siguiente línea es una forma ingeniosa de lograr cierta automatización como prueba de concepto, pero realmente necesitaría expandirse a un script de shell pequeño más robusto y flexible:
grep -v '^%' main.tex | grep subfile{ | sed 's/^.*subfile(.*).*$/1/'
| awk ' print "latexdiff -pnull d1/" $1, "d2/" $1,">", $1 ' | sh
2 años después de que se hizo la pregunta, pero terminé escribiendo un archivo por lotes para resolver esto en un entorno de Windows:
@echo off
setlocal
set "old_path=....tagsold_versionmy_folder"
set "new_path=......trunkmy_folder"
set "doc_name=my_file.tex"
latexdiff --flatten %doc_name% %doc_name% > flat.tex
cd %old_path%
latexdiff --flatten %doc_name% %doc_name% > flat.tex
cd %new_path%
latexdiff --flatten %old_path%flat.tex flat.tex > diff.tex
rm flat.tex
rm %old_path%flat.tex
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