Después de investigar con expertos en la materia, programadores de diversas ramas y maestros dimos con la solución al dilema y la dejamos plasmada en esta publicación.
Solución:
Los archivos *.iml no tienen nada que ver con su código/Java. Es un archivo oculto creado por Intellij en la carpeta raíz de su proyecto que contiene la información de su módulo. Esta es la razón por la que no debe crear una versión de este tipo de archivo, después de que todos los demás desarrolladores que usen un IDE diferente no los necesitarán.
Si cerró Intellij, creo que no hay forma de recuperar el mismo archivo, pero por otro lado, es bastante simple regenerar un nuevo archivo .iml:
proyecto basado en gradle
Haga clic en el Sync Project with Gradle Files botón (este 
Proyecto basado en Maven
Vaya a Archivo > Estructuras de proyecto > Módulos > Agregar > Importar módulo > (seleccione el directorio base de sus módulos) > Aceptar
Editar:
Mi respuesta anterior se basó en IntelliJ 14 y parece que algunas cosas han cambiado en las versiones más nuevas, como lo señalaron hBrent y BeC en los comentarios.
Uso de Intellij Community 2018.1 para esta actualización:
Proyecto basado en Maven
El procedimiento sigue siendo el mismo, la única diferencia que vi es el Agregar el icono ya no es verde. También se puede intentar quitar el rootFolder/.idea/modules.xml y agregando los módulos posteriormente para restablecer toda la información con respecto a las configuraciones anteriores.
proyecto basado en gradle
Debería usar “Actualizar todos los proyectos de Gradle” en la ventana de herramientas de Gradle (Ver > Ventanas de herramientas > Gradle), representada por el icono de actualización estándar.
Mi proyecto mvn tampoco se cargaba correctamente en IntelliJ IDEA después de eliminar el archivo .iml. Lo arreglé de esta manera:
- IDEA IntelliJ cerrada
- Se eliminó el directorio .idea que estaba en el directorio de mi proyecto.
- Reabrí IntelliJ IDEA y .idea dir y también .iml fue recreado automáticamente después de un tiempo por IntelliJ.
Arreglado para mi.
Para proyectos Maven:
- Abre el Ventana de herramientas Maven (para usuarios de intellij: haga clic con el botón derecho en el nombre del proyecto y desplácese hacia abajo hasta la parte inferior para encontrar la ventana de herramientas Maven) (indicado con este icono:
) - Haga clic en el Reimportar todos los proyectos de Maven botón (indicado con este icono:
).
)
).Instrucciones: https://www.jetbrains.com/help/idea/maven-projects-tool-window.html