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Solución:
Acabo de probar lo siguiente con éxito.
En la carpeta de tu proyecto:
pipenv install ipykernel
pipenv shell
Esto abrirá una terminal en su virtualenv como esta:
(my-virtualenv-name) bash-4.4$
En ese caparazón haz:
python -m ipykernel install --user --name=my-virtualenv-name
Inicie el cuaderno jupyter:
jupyter notebook
En su cuaderno, Kernel -> Change Kernel. Su kernel ahora debería ser una opción.
Fuente: IPythonNotebookVirtualenvs
Instale e inicie jupyter dentro de pipenv:
pipenv install jupyter
pipenv run jupyter notebook
Cualquier otro paquete que se instale a través de pipenv (por ejemplo, pipenv install numpy) también estará disponible para su sesión de jupyter notebook.
La respuesta de Luis funciona perfectamente para cuadernos jupyter.
Pero para hidrógeno/átomo específicamente la receta es:
pipenv install ipykernel
pipenv shell
lanzar un átomo desde dentro del shell pipenv
> atom
¡Debería ser bueno para ir!
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