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Solución:
Creo que puede usar HTMLDOC para convertir los archivos html generados en un solo archivo html. (No lo probé yo mismo)
El manual incluye el siguiente ejemplo para generar un html a partir de dos archivos html de origen:
htmldoc --book -f output.html file1.html file2.html
Pero también hay una interfaz gráfica de usuario.
No creo que haya una opción que produzca la salida como un solo archivo HTML, pero la salida RTF puede ser adecuada si necesita un formato de salida editable (no lo he probado yo mismo, así que no sé qué tan bien esto obras).
Si desea una salida imprimible de buena calidad, entonces Doxygen puede generar formato LaTeX (establecer GENERATE_LATEX para YES en su archivo de configuración de doxygen). Esto luego se puede convertir a PDF, aunque deberá instalar una distribución de LaTeX como MiKTeX.
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