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Solución:
Usar git checkout en vez de git stash apply:
$ git checkout stash -- .
$ git commit
Esto restaurará todos los archivos en el directorio actual a su versión oculta.
Si hay cambios en otros archivos en el directorio de trabajo que deben conservarse, aquí hay una alternativa menos estricta:
$ git merge --squash --strategy-option=theirs stash
Si hay cambios en el índice, o la fusión tocará archivos con cambios locales, git se negará a fusionarse. Los archivos individuales se pueden retirar del alijo usando
$ git checkout stash --
o interactivamente con
$ git checkout -p stash
git stash show -p | git apply
y entonces git stash drop si desea soltar los elementos escondidos.
Para forzar git stash pop ejecuta este comando
git stash show -p | git apply && git stash drop
Reseñas y valoraciones del tutorial
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