Solución:
El problema era que faltaba algún paquete o estaba dañado.
Reinstalé todo con pip3 install -r requirements.txt --ignore-installed y ahora funciona bien.
Este error puede ser una señal de que no se encuentra una importación. Para ver qué importación falta, intente ejecutar su archivo server.py con el intérprete de Python:
python yourapp.py
Ejemplo de salida:
Traceback (most recent call last):
File "yourapp.py", line 4, in <module>
from flask_httpauth import HTTPBasicAuth
ImportError: No module named flask_httpauth
Fuente (y otras pistas)
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