Solución:
El desfragmentador no comprueba el disco; se le recomienda ejecutar chkdsk antes de desfragmentar.
Y no, no hay alternativa a chkdsk. Es el único que comprueba el sistema de archivos. Aunque hay bastantes otras herramientas que verifican el disco duro en sí, sector por sector, ninguna verifica la integridad del sistema de archivos tan bien como chkdsk.
SpinRite, de GRC, es una herramienta de recuperación y mantenimiento de discos duros de muy bajo nivel. No es gratis ($ 89 para compras por primera vez), y no es terriblemente bonito, pero es muy avanzado. La interfaz de usuario (y su sitio web) necesita algo de ayuda de diseño, pero tienen el lado tecnológico de las cosas.
DFVer (49 €) no es para el neófito, pero parece completo (nunca lo he usado). DFSee es una utilidad genérica de disco, partición y sistema de archivos para mantenimiento y recuperación de datos.
Mecánico de disco duro es otra opción de producto comercial, pero un poco menos costosa ($ 69).
Otras opciones incluyen SeaTools de Seagate y Western Digital Salvavidas de datos.
Puede probar el software Emsa Disk Check (tamaño muy pequeño: 192 KB).