Ten en cuenta que en las ciencias informáticas cualquier problema casi siempere puede tener diversas soluciones, no obstante nosotros mostraremos lo más óptimo y mejor.
Solución:
Puede intentar ejecutar la consulta desde su cli local y redirigir la salida a un destino de archivo local;
mysql -user -pass -e"select cols from table where cols not null" > /tmp/output
Esto depende del cliente SQL que esté utilizando para interactuar con la base de datos. Por ejemplo, podría usar la interfaz de línea de comandos de mysql junto con el operador “tee” para enviar a un archivo local:
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.1/en/mysql-commands.html
tee [file_name], T [file_name]
Ejecute el comando anterior antes de ejecutar el SQL y el resultado de la consulta se enviará al archivo.
Específicamente para MySQL Workbench, aquí hay un artículo sobre Ejecutar consulta a salida de texto. Aunque no veo ninguna documentación, hay indicaciones de que también debería haber una opción “Exportar” en Consulta, aunque es casi seguro que depende de la versión.
Puede probar esto, si desea escribir el resultado de la consulta MySQL en un archivo.
Este ejemplo escribe el resultado de la consulta MySQL en un csv archivo con formato separado por comas
SELECT id,name,email FROM customers
INTO OUTFILE '/tmp/customers.csv'
FIELDS TERMINATED BY ','
ENCLOSED BY '"'
LINES TERMINATED BY 'n'