Te sugerimos que revises esta respuesta en un entorno controlado antes de pasarlo a producción, un saludo.
Solución:
La especificación dice que ISO-8859-1 es el valor predeterminado para la codificación en modo byte. Sin embargo, en la práctica, sí, verá mucho Shift-JIS en Japón o UTF-8.
UTF-8 es la elección correcta. Para hacerlo correctamente, debe poner alguna indicación en la transmisión de que es UTF-8. La especificación permite esto. Debe preceder el segmento de bytes con un segmento ECI que indique UTF-8.
El codificador zxing lo hará por usted si le envía una pista de que la codificación es UTF-8.
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