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Solución:
La respuesta resultó ser muy simple. Spring Boot tiene una propiedad de separador DataSource que se puede configurar en el archivo application.properties:
spring.datasource.separator=^;
Luego, en el archivo schema.sql todo ; las declaraciones que no están dentro del procedimiento almacenado deben actualizarse con el nuevo separador.
DROP PROCEDURE IF EXISTS `database`.FOO;
CREATE PROCEDURE `database`.FOO()
BEGIN
SELECT * from `database`.employees;
END ^;
Agregando a la respuesta de @Andrews:
Al usar una costumbre dataSource que Spring Boot no crea automáticamente, puede suceder que el spring.datasource.separator la propiedad no se utiliza. En estos casos, el separador no se envía al Populator. En este caso, se puede configurar directamente en la inicialización de la fuente de datos. Por ejemplo, lo siguiente se puede usar en un perfil de actualización especial asumiendo dataSource se define en otra parte:
O, cuando el poblador se establece explícitamente:
$update.schema.script
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