Por fin después de tanto batallar ya dimos con la solución de este dilema que muchos usuarios de nuestro sitio presentan. Si quieres compartir alguna información puedes aportar tu información.
Solución:
Tu problema tiene que ver con mysql.user y la forma en que actualizó a MySQL 5.6
Si miras mi respuesta a No se pueden otorgar privilegios como root, te muestro la descripción de mysql.user desde MySQL 4.1 a MySQL 5.6.
La columna plugin es la columna # 41 en mysql.user en MySQL 5.5 / 5.6
mysql> SELECT column_name,ordinal_position FROM information_schema.columns
-> WHERE table_schema='mysql' and table_name='user' and column_name='plugin';
+-------------+------------------+
| column_name | ordinal_position |
+-------------+------------------+
| plugin | 41 |
+-------------+------------------+
1 row in set (0.04 sec)
mysql> SELECT version();
+-----------+
| version() |
+-----------+
| 5.6.24 |
+-----------+
1 row in set (0.02 sec)
mysql>
Esa columna no aparece en MySQL 5.1, 5.0 o 4.x. Lo que esto me dice es que de alguna manera MySQL se actualizó a 5.6 pero todavía tiene la mysql.user desde 5.1 o más.
Si tu corres SELECT COUNT(1) column_count FROM information_schema.columns WHERE table_schema='mysql' AND table_name='user'; y obtienes 39, tengo la solución para ti.
Vea mi publicación El servicio MySQL se detiene después de intentar otorgar privilegios a un usuario sobre cómo solucionarlo manualmente mysql.user de 5.1 directamente a 5.6.
Tuve un error similar durante CREATE USER consulta.
Hice la siguiente solución para rectificar la tabla de usuarios.
ALTER TABLE `user` ADD `Create_tablespace_priv` ENUM('N','Y') NOT NULL DEFAULT 'N' AFTER `Trigger_priv`;
ALTER TABLE `user` ADD `plugin` CHAR(64) NULL AFTER `max_user_connections`;
ALTER TABLE `user` ADD `authentication_string` TEXT NULL DEFAULT NULL AFTER `plugin`;
ALTER TABLE `user` ADD `password_expired` ENUM('N','Y') NOT NULL DEFAULT 'N' AFTER `authentication_string`;
Ahora CREATE USER consulta funciona bien. !!
La rectificación se logra a partir de la referencia de la respuesta a No se pueden otorgar privilegios como root. Gracias RolandoMySQLDBA.!
Lo siguiente ayudó a crear SQL anterior:
+------------------------+------------------------+-----------------------------------+------+-----+---------+
| Field (MySQL 5.1) | Field (MySQL 5.6) | Type | Null | Key | Default |
+------------------------+------------------------+-----------------------------------+------+-----+---------+
| Host | Host | char(60) | NO | PRI | |
| User | User | char(16) | NO | PRI | |
| Password | Password | char(41) | NO | | |
| Select_priv | Select_priv | enum('N','Y') | NO | | N |
| Insert_priv | Insert_priv | enum('N','Y') | NO | | N |
| Update_priv | Update_priv | enum('N','Y') | NO | | N |
| Delete_priv | Delete_priv | enum('N','Y') | NO | | N |
| Create_priv | Create_priv | enum('N','Y') | NO | | N |
| Drop_priv | Drop_priv | enum('N','Y') | NO | | N |
| Reload_priv | Reload_priv | enum('N','Y') | NO | | N |
| Shutdown_priv | Shutdown_priv | enum('N','Y') | NO | | N |
| Process_priv | Process_priv | enum('N','Y') | NO | | N |
| File_priv | File_priv | enum('N','Y') | NO | | N |
| Grant_priv | Grant_priv | enum('N','Y') | NO | | N |
| References_priv | References_priv | enum('N','Y') | NO | | N |
| Index_priv | Index_priv | enum('N','Y') | NO | | N |
| Alter_priv | Alter_priv | enum('N','Y') | NO | | N |
| Show_db_priv | Show_db_priv | enum('N','Y') | NO | | N |
| Super_priv | Super_priv | enum('N','Y') | NO | | N |
| Create_tmp_table_priv | Create_tmp_table_priv | enum('N','Y') | NO | | N |
| Lock_tables_priv | Lock_tables_priv | enum('N','Y') | NO | | N |
| Execute_priv | Execute_priv | enum('N','Y') | NO | | N |
| Repl_slave_priv | Repl_slave_priv | enum('N','Y') | NO | | N |
| Repl_client_priv | Repl_client_priv | enum('N','Y') | NO | | N |
| Create_view_priv | Create_view_priv | enum('N','Y') | NO | | N |
| Show_view_priv | Show_view_priv | enum('N','Y') | NO | | N |
| Create_routine_priv | Create_routine_priv | enum('N','Y') | NO | | N |
| Alter_routine_priv | Alter_routine_priv | enum('N','Y') | NO | | N |
| Create_user_priv | Create_user_priv | enum('N','Y') | NO | | N |
| Event_priv | Event_priv | enum('N','Y') | NO | | N |
| Trigger_priv | Trigger_priv | enum('N','Y') | NO | | N |
| | Create_tablespace_priv | enum('N','Y') | NO | | N |
| ssl_type | ssl_type | enum('','ANY','X509','SPECIFIED') | NO | | |
| ssl_cipher | ssl_cipher | blob | NO | | NULL |
| x509_issuer | x509_issuer | blob | NO | | NULL |
| x509_subject | x509_subject | blob | NO | | NULL |
| max_questions | max_questions | int(11) unsigned | NO | | 0 |
| max_updates | max_updates | int(11) unsigned | NO | | 0 |
| max_connections | max_connections | int(11) unsigned | NO | | 0 |
| max_user_connections | max_user_connections | int(11) unsigned | NO | | 0 |
| | plugin | char(64) | YES | | || | authentication_string | text | YES | | NULL || | password_expired | enum('N','Y') | NO | | N |
+------------------------+------------------------+-----------------------------------+------+-----+---------+
Si haces scroll puedes encontrar las ilustraciones de otros gestores de proyectos, tú igualmente tienes la habilidad insertar el tuyo si lo crees conveniente.