Solución:
Interesante. Si especifica un shapefile como máscara, usa gdal_warp y automáticamente agrega -dstalpha a las opciones de la línea de comandos.
Por ahora, puede copiar el texto que aparece en la parte inferior del cuadro de diálogo y pegarlo en una ventana de línea de comandos, eliminando la opción -dstalpha. Pero esta no es una solución ideal, por lo que le sugiero que presente un ticket en el rastreador de errores de QGIS para que se agregue como una opción.
Como alternativa, pero siguiendo con la línea de comandos, puede ejecutar gdal_translate en su archivo de dos bandas, usando la opción -b 1 para usar la primera banda para la salida.
El control de banda es definitivamente algo que vale la pena tener en QGIS, creo, por lo que podría valer la pena agregarlo al rastreador de errores como una característica solicitada.