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Ejemplo simple usando System.Data.SQLite con Entity Framework 6

Solución:

Aquí se hace una pregunta similar: Entity Framework 6 con código SQLite 3 primero: no creará tablas

kjbartel ofrece una explicación muy útil de que el controlador EF SQLite no admite la creación de tablas.

Consulte también https://github.com/msallin/SQLiteCodeFirst, que proporciona una excelente solución. Instalé el paquete SQLite.CodeFirst NuGet y agregué el siguiente código, luego la aplicación funciona bien:

    class MyContext : DbContext
    {
        protected override void OnModelCreating(DbModelBuilder modelBuilder)
        {
            var sqliteConnectionInitializer = new SqliteCreateDatabaseIfNotExists<MyContext>(modelBuilder);
            Database.SetInitializer(sqliteConnectionInitializer);
        }
        public DbSet<Person> Persons { get; set; }
    }
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