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Solución:
Para:
Existen entidades de tipo Vínculo de acceso directo y Predeterminado. Estas entidades deben eliminarse antes de importar.
Necesita eliminar las entidades de tipo short-cutpuedes hacerlo con drush:
drush ev 'Drupal::entityManager()->getStorage("shortcut_set")->load("default")->delete();'
Acerca del primer error (Existen entidades de tipo Enlace de acceso directo y Predeterminado. Estas entidades deben eliminarse antes de importar):
Fui a Inicio> Administración> Configuración> Interfaz de usuario> Accesos directos (admin/config/user-interface/shortcut), que en “Lista de enlaces” de “Predeterminado” eliminé todos los accesos directos.
El error se ha ido ahora.
Parece que eliminó su tema de prueba sin desinstalarlo. Debe desinstalarlo correctamente, lo que podría no ser posible cuando no está allí, o editar el archivo core.extension.yml en su configuración exportada y eliminarlo a mano.
Sobre el otro error, parece que realmente está eliminando los tipos de enlaces de acceso directo/menú o, más probablemente, “arregló” manualmente el UUID system.site. Esa verificación y UUID existen por una razón, solo cambiarlo al mismo valor en dos instalaciones diferentes hará muchas cosas inesperadas. También tendría que actualizar muchos otros UUID, de lo contrario, Drupal eliminará y volverá a crear prácticamente todas las entidades de configuración en su sistema. Debido al UUID modificado, se supone que lo eliminó y lo volvió a crear, así que eso es lo que está tratando de hacer.
Y dado que le impide eliminar tipos de entidades de configuración de paquetes cuando todavía hay contenido para ese tipo/paquete, le da ese error.
¿Qué es lo que estás tratando de hacer exactamente? ¿Quizás estés buscando Config Installer en su lugar?
Nos encantaría que puedieras dar visibilidad a esta reseña si si solucionó tu problema.