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Descomprimir archivo gz usando R

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Solución:

He aquí un ejemplo resuelto que puede ayudar a ilustrar lo que gzfile() y gzcon() son para

foo <- data.frame(a=LETTERS[1:3], b=rnorm(3))
foo
#  a        b
#1 A 0.586882
#2 B 0.218608
#3 C 1.290776
write.table(foo, file="/tmp/foo.csv")
system("gzip /tmp/foo.csv")             # being very explicit

Ahora que el archivo está escrito, en lugar del uso implícito de file()utilizar gzfile():

read.table(gzfile("/tmp/foo.csv.gz"))   
#  a        b
#1 A 0.586882
#2 B 0.218608
#3 C 1.290776

El archivo que señala es un archivo tar comprimido y, hasta donde yo sé, R en sí no tiene una interfaz para los archivos tar. Estos se usan comúnmente para distribuir código fuente, como por ejemplo para paquetes R y fuentes R.

Para des-gz un archivo en R puedes hacer

library(R.utils)
gunzip("file.gz", remove=FALSE)

o

gunzip("file.gz")

Pero luego obtiene el comportamiento predeterminado (eliminar = VERDADERO) en el que el archivo de entrada se elimina después de que el archivo de salida se crea y se cierra por completo.

Si realmente desea descomprimir el archivo, simplemente use el untar función que soporta gzip. P.ej:

untar('chadwick-0.5.3.tar.gz')

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