Solución:
java.exe aparece una ventana de consola. javaw.exe no.
Si espera salida de texto, deberá usar java.exe. Si la aplicación abre su propia ventana (por ejemplo, Eclipse), puede usar javaw.exe.
Java es el antiguo intérprete de Java que se ejecuta en una caja de DOS (por lo que tiene una ventana de consola abierta todo el tiempo).
Javaw es un contenedor de Java que no abre una ventana de consola (y supongo que redirige stdio, stdout y stderr a NUL)
Desde: http://www.neuber.com/taskmanager/process/javaw.exe.html
“El comando javaw.exe es idéntico a java.exe, excepto que con javaw.exe no hay una ventana de consola asociada. Esto implica que no puede hacer que muestre la versión con -version, ya que no hay una consola para mostrarla Utilice javaw.exe cuando no desee que aparezca una ventana de símbolo del sistema. Sin embargo, el iniciador de javaw.exe mostrará un cuadro de diálogo con información de error si el lanzamiento falla por algún motivo “.
Espero que esto ayude.