Solución:
desde IIS.NET:
La diferencia clave entre la tienda de alojamiento web y la tienda personal es que la tienda de alojamiento web está diseñada para escalar a un mayor número de certificados.
Para escenarios livianos (cuando tiene menos de 20-30 certificados) puede usar cualquier tienda, Personal o WebHosting.
Cuando tenga más de 30 certificados diferentes, debe usar la tienda de alojamiento web por razones de rendimiento.
Además de la respuesta de Sam.Rueby:
No hay un valor de enumeración StoreName para Web Hosting, pero se puede acceder a la tienda de Web Hosting utilizando el valor StoreName como “WebHosting”.
var store = new X509Store( "WebHosting", StoreLocation.LocalMachine);
Estoy de acuerdo con CyptoGuy en que IIS.NET establece que la diferencia es que el alojamiento web está diseñado para escalar a más certificados. Creo que encontré otra diferencia importante, y es que todavía tengo que encontrar una forma de acceder a la Alojamiento web almacenar desde el código .NET. Específicamente porque no hay un StoreName valor de enumeración para alojamiento web: http://msdn.microsoft.com/query/dev12.query?appId=Dev12IDEF1&l=EN-US&k=k%28System.Security.Cryptography.X509Certificates.StoreName%29;k%28TargetFrameworkMoniker-.NETFramework