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Solución:
Es posible en QGIS3. Puede hacer clic en “Crear índice espacial” en el cuadro de diálogo Propiedades de capa:
No creo que sea posible a través de la interfaz de usuario de QGIS en este momento. Lea el manual de vectores GDAL GeoPackage http://www.gdal.org/drv_geopackage.html y use ogrinfo.
ogrinfo -SQL "SELECT CreateSpatialIndex('table_name', 'geom_column_name')" geopackage.gpkg
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