Solución:
¡Ok muchachos! He descubierto el problema y la solución. :PAG
El problema es Compiz y la solución es deshabilitarlo usando el comando:
metacity --replace &
Ahora, puedo tomar una captura de pantalla de cualquier ventana dentro de VirtualBox.
VirtualBox proporciona una opción de menú para tomar capturas de pantalla del invitado, Ver -> Tomar captura de pantalla (Host + E). Alternativamente, solo Anfitrión + mi (eso es usualmente Ctrl derecho + mi).
En Ubuntu invitado, vaya a Sistema -> Preferencias -> Atajos de teclado. En la siguiente ventana, defina un nuevo atajo para tomar una captura de pantalla (por ejemplo, en este ejemplo CambioAltPAG):
A continuación, se tomará una captura de pantalla cada vez que presione el método abreviado de teclado. La configuración predeterminada usando Impresión no está disponible en el invitado (solo anfitrión).
Hacer capturas de pantalla no funcionará con los efectos de escritorio activados, es decir, cuando se esté ejecutando Compiz (consulte aquí como referencia).