Basta ya de indagar por todo internet ya que llegaste al lugar justo, tenemos la solución que quieres encontrar pero sin liarte.
Solución:
Lo que suelo hacer para poner un cuadro de alerta (por ejemplo, una nota o una advertencia) en los textos de descuento (no solo cuando uso pandoc sino también en todos los lugares donde se admite ese descuento) es rodear el contenido con dos líneas horizontales:
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**NOTE**
It works with almost all markdown flavours (the below blank line matters).
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que seria algo como esto:
NOTA
Funciona con todos los sabores de rebajas (la línea en blanco a continuación es importante).
Lo bueno es que no necesita preocuparse por qué tipo de descuento se admite o qué extensión está instalada o habilitada.
EDITAR: Como ha mencionado @filups21 en los comentarios, parece que una línea horizontal está representada por *** en RMarkdown. Por lo tanto, la solución mencionada anteriormente no funciona con todos los sabores de descuento como se afirmó originalmente.
Con GitHub, generalmente inserto una cita en bloque.
> **_NOTE:_** The note content.
se convierte…
NOTA: El contenido de la nota.
Por supuesto, siempre hay HTML plano…
La solución más simple que encontré para exactamente el mismo problema es usar una tabla de varias líneas con una fila y sin encabezado (hay una imagen en la primera columna y el texto en la segunda):
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 Table multiline text bla bla bla bla
bla bla bla bla bla bla bla ... the
blank line below is important
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Otro enfoque que podría funcionar (para PDF) es usar el valor predeterminado de Latex fbox directiva:
fboxMy text!
O el módulo FancyBox para funciones más avanzadas (y cajas con mejor aspecto): http://www.ctan.org/tex-archive/macros/latex/contrib/fancybox.