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Solución:
Tienes dos posibilidades:
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Eliminar remoto, dejar local
Puede “ocultar” el repositorio de su perfil de GitHub eliminando el repositorio de GitHub, pero dejando el repositorio local en su computadora (o en otro lugar).
Luego, puede volver a agregar ese repositorio local a GitHub si es necesario.
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Ponte privado
Puede hacer que el repositorio sea privado (primero duplicándolo) para que otros no lo verá en su perfil, pero todavía está allí, solo usted puede verlo.
Tienes que eliminar el repositorio (fork). Esto está disponible en la configuración del repositorio.
https://help.github.com/articles/deleting-a-repository/
El 8 de noviembre de 2017, Github publicó una nueva función: repositorios de archivo
Lea el documento. Ahora puede mover sus repositorios no utilizados y únicos a un archivo de solo lectura.