Puede que se de el caso de que encuentres alguna incompatibilidad en tu código o trabajo, recuerda probar siempre en un entorno de testing antes aplicar el código al trabajo final.
Solución:
Puede hacerlo extrayendo longitudes de borde y usando edgelabels().
# Load package
library(ape)
# Create data
t <- read.tree(text="(F:4,((D:2,E:2):1,(C:2,(B:1,A:1):1):1):1);")
plot(t)
edgelabels(t$edge.length, bg="black", col="white", font=2)
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