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Solución:
init: proceso principal de logstash (2546) eliminado por la señal KILL
En realidad, su proceso se detiene aquí.
init: finalizó el proceso principal de logstash, reapareciendo
A nuevo init inicia el proceso de logstash para reemplazarlo.
Eso también muestra qué proceso de control es responsable de reiniciar logstash: en eso. (En RHEL 6 y CentOS que es Upstart) Lo más probable es que su proceso comience desde cualquiera/etc/inittab o un archivo desplegable en /etc/init/logstash.conf (o similar) y debe controlarse con la herramienta adecuada, initctl y no con kill.
Probar initctl list para ver si logstash está allí.
Después initctl stop logstash lo detendrá.
Editar o eliminar el archivo conf en /etc/init le permitirá desactivarlo de forma persistente.
Incluso podría controlar el trabajo con el service y chkconfig comandos
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