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Solución:
Mi conjetura es que usted está tratando de agregar folder mientras ya estas en folder.
$ cd my_folder
$ git init
$ git add my_folder # this is not going to work
En su lugar, agregue todo en la carpeta, en lugar de la carpeta en sí:
$ cd my_folder
$ git init
$ git add .
A su otra pregunta, agregar carpetas completas está bien, pero solo es relevante al agregar sub-carpetas. De nuevo, no puedes git add la carpeta que es su repositorio (my_folder sobre).
$ cd my_folder
$ ls
my_subfolder other_things
$ git add my_subfolder # this is fine
La forma habitual de agregar todo en su árbol de trabajo a su repositorio es git add ..
Primero debe verificar si ha agregado esa carpeta en el archivo .gitignore.
Si no, simplemente haz esto.
git add --all
o
git add .
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