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Solución:
Esto debería funcionar. Probablemente te olvidaste de llamar encfileout.flush().
Sin embargo, esta no es la forma preferida de escribir textos. Debe envolver su flujo de salida con PrintWriter y disfruta de su println() métodos:
PrintWriter writer = new PrintWriter(new OutputStreamWriter(encfileout, charset));
Alternativamente, puede usar FileWriter en vez de FileOutputStream desde el principio:
FileWriter fw = new FileWriter("myfile");
PrintWriter writer = new PrintWriter(fw);
Ahora solo llama
writer.println();
Y no olvides llamar flush() y close() cuando termines tu trabajo.
Podría ser un problema del visor… Intente abrir el archivo en EditPlus o Notepad++. Es posible que el Bloc de notas de Windows no reconozca el salto de línea de otro sistema operativo. ¿En qué programa estás viendo el archivo ahora?