Solución:
Si todo lo que desea hacer es eliminar una transmisión, no volver a codificar, probablemente desee hacerlo con el paquete MKVtoolnix (consulte la página de videohelp.com).
Hay un par de GUI que pueden ayudarlo (consulte el enlace de ayuda de video). No estoy seguro de que es exactamente mkvmerge línea de comandos podría ser, pero creo que algo como esto funcionaría:
# first, get audio track info so we know which one to keep
mkvmerge -i input.mkv
File 'input.mkv': container: Matroska
Track ID 1: video (V_MPEG4/ISO/AVC)
Track ID 2: audio (A_AAC)
Track ID 3: audio (A_AAC) <----------- for example, let's keep this one
Track ID 4: audio (A_AAC)
mkvmerge -o output.mkv --audio-tracks 3 input.mkv
Ese deberían haz el truco (no tengo un archivo a mano para probar, lo siento). los --audio-tracks la opción dice mkvmerge copiar solo el listado pistas de audio al nuevo archivo. Si quisiera mantener 2 y 3 pero no 4, podría usar --audio-tracks 2,3.
mkvmerge tiene muchas otras opciones para configurar títulos, agregar un retraso para sincronizar el audio, etc., así que consulte la página de manual para obtener más detalles.