Solución:
Puedes usar CONTROL+J o CONTROL+METRO como alternativa a Ingresar. Son los caracteres de control para el salto de línea (LF) y el retorno de carro (CR).
En una ventana de terminal (solo probé aterm, rxvt, vte y xterm) puede seleccionar el final de la línea, que pegar hacia atrás tiene el efecto de presionar Ingresar:
# ____________type the command____________ __select to end of line__
# / /
bash-4.2$ xmodmap -e "keycode 135 = Pointer_Button2"
Luego, vuelva a pegar el texto seleccionado en la ventana del terminal con el clic del botón central del mouse (o con el clic simultáneo del botón izquierdo y derecho del mouse, si está configurado así).
Ejecute el comando desde una terminal que no sea X.
CONTROL+ALT+F2 debería llevarte a una consola normal. Inicie sesión como su usuario normal y luego ejecute el comando allí.
xmodmap solo afecta a X sesiones, por lo que necesita DISPLAY para trabajar fuera del servidor X, así:
DISPLAY=:0 xmodmap