Solución:
Para eliminar el mensaje una vez: haga clic en el botón X.
Para eliminar el mensaje de una vez por todas: haga clic en el globo tachado junto a la X.
Para restablecer estos mensajes, vaya a Configuración -> Interfaz de usuario -> Archivo – Restablecer todas las advertencias (esta es mi traducción, podría ser ligeramente diferente).
Moviendo mi comentario a una respuesta:
VBoxManage setextradata global GUI/SuppressMessages "all"
Puede ver una vista más granular de los posibles valores para GUI / SuppressMessages con VBoxManage getextradata global enumerate – el mío se veía así:
confirmInputCapture, recuerdeAboutAutoCapture, recuerdeAboutMouseIntegrationOff, recuerdeAboutMouseIntegrationOn, recuerdeAboutWrongColorDepth
antes de ponerlo en all.
Descubrí esto de https://forums.virtualbox.org/viewtopic.php?f=6&t=25797&hilit=disable+notification y https://forums.virtualbox.org/viewtopic.php?f=34&t=66523 pero aparentemente all no está documentado y fue descubierto leyendo la fuente.