Solución:
Un método que puede utilizar es agregar un archivo de inclusión de proyecto para cada subdirectorio.
Qt Creator los muestra en la GUI de forma anidada y le permite agregar archivos.
p.ej
en project.pro
include(folder1/include.pri)
en la carpeta1 / include.pri
HEADERS += MyClass.h
SOURCES += MyClass.cpp
etc
Respuesta: ¿Cómo crear una carpeta o subdirectorio para un proyecto en QtCreator?
Antes de QT Creator 3.1.x, puede haga clic derecho en su proyecto -> “agregar nuevo …” y cambie la ruta a la carpeta que desee.
La carpeta debe existir, Qt no lo creará por ti.
Qt se encarga de la ruta en su archivo .pro.
Eso es todo !
Simplemente tuve el mismo problema y descubrí una respuesta relativamente simple.
Todo lo que necesitas hacer para moverte file.cpp para newFolder es cambiar el nombre del archivo (clic derecho -> Cambiar nombre) a newFolderfile.cpp.
Qt Creator lo moverá a la nueva carpeta y actualizará automáticamente el .pro expediente.