Solución:
El complemento ShellEd no parece ser para archivos BAT de Windows, solo lenguajes de shell Linux / Unix.
Sin embargo, ir a Preferencias-> General-> Editores-> Asociaciones de archivos es cómo hacer que Eclipse abra archivos BAT en un editor de texto.
prueba con este complemento: http://sourceforge.net/apps/trac/shelled/
Y también creo que deberías ir a preferencias-> general -> editores-> asociaciones de archivos y agregar bat a la lista
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