Solución:
Las nuevas versiones de MySQL WorkBench tienen una opción para cambiar tiempos de espera específicos.
Para mí, estaba en Editar → Preferencias → Editor SQL → Tiempo de espera de lectura de conexión DBMS (en segundos): 600
Cambió el valor a 6000.
También las filas de límite sin marcar, ya que poner un límite cada vez que quiero buscar, todo el conjunto de datos se vuelve tedioso.
Si su consulta tiene datos de blobs, este problema se puede solucionar aplicando un my.ini cambiar como se propone en esta respuesta:
[mysqld]
max_allowed_packet=16M
De forma predeterminada, será 1 M (el valor máximo permitido es 1024 M). Si el valor proporcionado no es un múltiplo de 1024K, se redondeará automáticamente al múltiplo de 1024K más cercano.
Si bien el hilo al que se hace referencia es sobre el error de MySQL 2006, configurando el max_allowed_packet de 1M a 16M hizo Corregir el error de 2013 que me apareció al ejecutar una consulta larga.
Para usuarios de WAMP: encontrará la bandera en el [wampmysqld] sección.
Inicie el servidor de base de datos con la opción comandline net_read_timeout / wait_timeout y un valor adecuado (en segundos), por ejemplo: --net_read_timeout=100.
Para referencia, consulte aquí y aquí.