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Calcular el AUC en R?

Solución:

El paquete ROCR calculará el AUC entre otras estadísticas:

auc.tmp <- performance(pred,"auc"); auc <- as.numeric([email protected])

Con el paquete pROC puedes usar la función auc() como este ejemplo de la página de ayuda:

> data(aSAH)
> 
> # Syntax (response, predictor):
> auc(aSAH$outcome, aSAH$s100b)
Area under the curve: 0.7314

Como han mencionado otros, puede calcular el AUC utilizando el paquete ROCR. Con el paquete ROCR también puede trazar la curva ROC, la curva de elevación y otras medidas de selección del modelo.

Puede calcular el AUC directamente sin utilizar ningún paquete utilizando el hecho de que el AUC es igual a la probabilidad de que un verdadero positivo obtenga una puntuación mayor que un verdadero negativo.

Por ejemplo, si pos.scores es un vector que contiene una puntuación de los ejemplos positivos, y neg.scores es un vector que contiene los ejemplos negativos, entonces el AUC se aproxima por:

> mean(sample(pos.scores,1000,replace=T) > sample(neg.scores,1000,replace=T))
[1] 0.7261

dará una aproximación de las AUC. También puede estimar la varianza del AUC mediante bootstrapping:

> aucs = replicate(1000,mean(sample(pos.scores,1000,replace=T) > sample(neg.scores,1000,replace=T)))
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