Solución:
Basado en reddit (y lo he probado yo mismo), aparentemente es una característica de Nova Launcher en Android 6.0 Marshmallow llamada “Iconos oscuros”. Parece que está habilitado de forma predeterminada para los usuarios existentes después de actualizar la aplicación (en mi caso, la nueva instalación tendrá que activar esta configuración manualmente).
La configuración se puede comprobar en Configuración de Nova – Apariencia – Iconos oscuros. Tenga en cuenta que esta es una nueva característica de Marshmallow, que permite que una aplicación tenga íconos de estado negros para la barra de estado de luz y, por lo tanto, la configuración solo está disponible en Marshmallow y superiores.
En cuanto a por qué también afectó a Google Now Launcher, en realidad no tengo idea, ya que no pude reproducir el problema en Nexus 5 con Marshmallow 6.0. Incluso si dejo la opción habilitada en Nova Launcher, cambiando la configuración de inicio (en Configuración – Inicio – Google Now Launcher) y presionar el botón “Inicio” revertirá todo el lanzador a Google Now Launcher con su ícono blanco predeterminado.